Agenţia ONU pentru Refugiaţi a apărut în urma celui de-al doilea război mondial, pentru a ajuta milioanele de europeni nevoiţi să se refugieze. Înfiinţată la 14 decembrie 1950, Agenţia a avut iniţial un mandat de trei ani pentru a îşi termina munca, după care s-ar fi desfiinţat.

Dar problema refugiaţilor nu a fost să dispară în trei ani. În 1956, UNHCR s-a confruntat cu prima mare urgenţă: influxul refugiaţilor unguri la momentul când Uniunea Sovietică a înăbuşit revoluţia maghiară. Orice aşteptare că UNHCR va deveni la un moment dat dispensabil nu a mai existat.

In următorii ani, deplasarea forţată a devenit un fenomen persistent la nivel mondial. În anii 1960, decolonizarea Africii a produs prima deplasare a numeroşilor refugiaţi ai continentului, necesitând intervenţia UNHCR. În timpul anilor 70 şi 80 ai secolului 20, UNHCR a trebuit să ajute la situaţii similare în Asia şi America Latină. Până la sfârşitul secolului 20, în Africa apăruseră noi crize de refugiaţi, dar şi noi mişcări ale refugiaţilor în Europa ca o consecinţă a războaielor din Balcani.

Începutul secolului 21 a fost martorul ajutorului dat de UNHCR la crize majore ale refugiaţilor de pe continentul African, precum, Republica Democrată Congo şi Somalia, precum şi Asia, în special în cazul situaţiei refugiaţilor afgani care se întinde de 30 de ani. În acelaşi timp, UNHCR a fost rugat să îşi folosească expertiza pentru a ajuta numeroasele persoane deplasate intern. Mai puţin vizibil, Agenţia şi-a extins şi rolul în ajutorarea persoanelor fără cetăţenie (apatrizi), un grup adesea trecut cu vederea, dar care reprezintă un grup de milioane de persoane aflate în pericolul de a le fi refuzate drepturile de bază pe motiv că nu deţin cetăţenie. În unele părţi ale lumii, ca de exemplu Africa si America Latină, mandatul original UNHCR, din 1951, a fost întărit de acorduri asupra unor instrumente regionale de protecţie juridică.

În 1954, Agenţia ONU pentru Refugiaţi a câştigat Premiul Nobel pentru Pace pentru munca sa inovatoare în folosul refugiaţilor din Europa. Un sfert de secol mai târziu, în 1981, UNHCR a primit premiul din nou pentru ceea ce devenise deja o asistenţă mondială a refugiaţilor, având în vedere şi obstacolele politice întâmpinate de organizaţie.

De la doar 34 de angajaţi la momentul înfiinţării, UNHCR are în prezent circa 7. 680 de angajaţi naţionali şi internaţionali, dintre care majoritatea lucrează pe teren. Agenţia activează în peste 125de ţări, cu angajaţi în 414  birouri, majoritatea fiind zone izolate sau greu de atins. Azi, UNHCR se ocupă de 33,9 milioane de persoane: 10,5 milioane de refugiaţi, 14,7 milioane de persoane deplasate intern, 3,1 milioane de refugiaţi reîntorşi în ţările de origine, 3,5 milioane de apatrizi şi peste 837,000 de solicitanţi de azil. Bugetul UNHCR a crescut de la 300.000 USD în primul an, până la peste 3,59 miliarde în 2012.

În decembrie 2003, Adunarea Generală UN a abolit, într-un târziu, cerinţa ca Agenţia să-şi reînnoiască mandatul la câţiva ani. În 2010, UNHCR a sărbătorit a 60-a aniversare, în deplină cunoaştere a faptului că nevoile umanitare nu vor dispărea.