Agenţia pentru refugiaţi UN este guvernată de Adunarea Generală UN şi de către Consiliul Economic şi Social (ECOSOC). Programele bi-anuale ale agenţiei şi bugetul corespunzător sunt aprobate de către Comitetul Executiv UNHCR, în prezent compus din 85 de membrii. Programele şi bugetul sunt prezentate de către Înaltul Comisar, în prezent António Guterres, numit în funcţie de Adunarea Generală a ONU.

Mandatul UNHCR este definit de Statutul UNHCR din 1950. Iniţial, agenţia pentru refugiaţi a Naţiunilor Unite a fost stabilită cu un mandat de trei ani pentru a asista refugiaţii Europeni strămutaţi de cel de-al Doilea Război Mondial. Cum strămutarea nu dispărea devenind o problemă persistentă în cursul anilor, agenţia a trebuit să continue a îşi reînnoi mandatul la câţiva ani. În 2003 Adunarea Generală a extins mandatul organizaţiei pentru o perioadă nedefinită, “până când problema refugiaţilor va fi rezolvată.”

Ca şef al organizaţiei, Înaltul Comisar este responsabil pentru direcţionarea şi controlul UNHCR-ului. El sau ea va direcţiona munca agenţiei cu asistenţa Înaltului Comisar Deputat şi a Înaltului Comisar Asistent pentru Operaţiunile de Protecţie. Înaltul Comisar raportează anual la ECOSOC şi la Adunarea Generală despre munca UNHCR-ului.

Agenţia are aproximativ 7.680 de angajaţi naţionali şi internaţionali care lucrează în mai mult de 125 de ţări. Majoritatea operaţiunilor UNHCR sunt în domeniul în care eforturile principale ale agenţiei sunt controlate dintr-o serie de birouri regionale, Reprezentanţe, birouri naţionale şi locale, adesea în zone foarte izolate. Operaţiunile dintr+o anumită ţară sunt conduse de Reprezentanţi ai Înaltului Comisar. Există şi un număr de Reprezentanţi Regionali care sunt responsabili pentru coordonarea operaţiunilor dintr-o anumită regiune ca Europa Centrală, compusă dintr-un număr de ţări.

De-a lungul anilor, operaţiunile UNHCR din toată lumea au devenit foarte complexe, variind de la recrutarea a noi angajaţi şi asigurarea securităţii în situaţii periculoase şi până la procurarea tuturor necesităţilor ca, spre exemplu, bunuri medicale şi transporturi de mâncare în masă pentru carte aeriene. Anumite departamente, in principal bazate la Sediul de la Geneva, supraveghează aspecte cheie ca, spre exemplu, operaţiuni, protecţie, relaţii externe, resurse umane si finanţe. Un număr de birouri regionale de asemenea fac legătura între sediul central şi birourile de la nivel naţional.