UNHCR podlega Zgromadzeniu Ogólnemu ONZ i Radzie Gospodarczej i Społecznej ONZ (ECOSOC). Dwuletnie programy i korespondujący budżet agendy zatwierdza Komitet Wykonawczy UNHCR, aktualnie składający się z 85 członków. Programy i budżet prezentuje mianowany przez Zgromadzenie Ogólne ONZ Wysoki Komisarz NZ ds. Uchodźców, którym obecnie jest António Guterres. 

Mandat UNHCR określa Statut UNHCR z 1950 r. Pierwotnie głównej agendzie ONZ zajmującej się uchodźcami przyznano trzyletni mandat na wspieranie europejskich uchodźców wysiedlonych w wyniku II wojny światowej. Ponieważ problem wysiedleń nie zniknął i nabrał stałego charakteru na przestrzeni lat, agenda musiała stale odnawiać swój mandat co kilka lat. Ostatecznie w 2003 roku Zgromadzenie Ogólne ONZ przedłużyło mandat UNHCR na czas nieokreślony „do momentu rozwiązania problemu uchodźstwa”. 

Jako stojący na czele organizacji, Wysoki Komisarz odpowiada za kierowanie i nadzorowanie Biura UNHCR. Kieruje pracami agendy przy pomocy Zastępcy Wysokiego Komisarza i Zastępców Wysokiego Komisarza ds. Ochrony i Działań Operacyjnych. Wysoki Komisarz raz w roku przedstawia raport na temat pracy UNHCR Radzie ECOSOC i Zgromadzeniu Ogólnemu.

Agencja zatrudnia około 7200 pracowników lokalnych i międzynarodowych, pracujących w ponad 120 krajach. Większość działań UNHCR prowadzonych jest w terenie, gdzie podstawowymi zadaniami agencji zarządzają biura regionalne, przedstawicielstwa, oddziały i biura terenowe, często w bardzo odległych lokalizacjach. Działaniami UNHCR w poszczególnych krajach kierują Przedstawiciele Wysokiego Komisarza. Istnieją też Przedstawiciele Regionalni Wysokiego Komisarza, którzy odpowiadają za koordynację działań w konkretnym regionie, takim jak Europa Środkowa, obejmującym kilka krajów. 

Na przestrzeni lat ogólnoświatowa działalność UNHCR stała się bardzo złożona, obejmuje rekrutację nowych pracowników i zapewnianie im bezpieczeństwa w niebezpiecznych sytuacjach, jak i zakup środków medycznych, żywności do masowych wysyłek oraz lotów czarterowych. Konkretne wydziały, głównie zlokalizowane w siedzibie głównej w Genewie, nadzorują najważniejsze obszary, takie jak działania operacyjne, ochrona, relacje zewnętrzne, kadry i finanse. Pomiędzy siedzibą główną a biurami na poziomie krajowym pośredniczą biura regionalne, tam gdzie istnieją.